武功县的政区建置始于秦孝公十二年(前350)。
王莽新朝天凤二年(15)改为新光县。
东汉初废入眉县。
永平八年(65)复置武功县。
北魏太和十一年(487)置武功郡,领美阳、漠西两县。
北周天和元年(566)筑武功城以置军士。
建德三年(574)废武功郡,复置武功县,治所由邰城迁至中亭川(今武功镇)。
唐武德三年(620)分武功东部及始平西部地置扶风县(今长宁镇)。
贞观元年(627)撤扶风县并入武功。
后晋时置武功郡,后周改郡为县。
金大定二十九年(1189)改县名为武亭。
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1958年12月,武功、扶风和兴平合并为兴平县。
1961年9月武功县建制恢复,县政府机关由武功镇迁至普集镇。
1983年1月杨陵公社和杨陵镇划归杨陵区。
1983年10月本县由宝鸡市改属咸阳市。