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老谈手把手教:ImageJ灰度扫描、PS组合图、荧光图片处理....

2020-10-25 03:26:44

感觉ImageJ和PS太难?其实不然,看视频操作就行了。



上周《lncRNA研究套路》系列课的第二节内容已通过以下案例文章介绍了lncRNA发挥作用的四种模式,并对文章中数据进行了详细地解读和分析。本周,老谈将继续以该文章为例,SCI作图基本原则,Image JPhotoshop三部分讲解文章数据处理和展示方法。

 


01


常言道,无规矩不成方圆。因而,SCI论文中图片制作和排版也是存在一些约定熟成的“规矩”,只有熟知“规矩”才能练就“火眼金睛”,成功避开图片制作各种坑


首先,以参考文献中的6张图片为实例,课程通过找茬的方式为大家展示各个小图制作的小错误,并说明如何根据“规矩”进行改正。


虽然这6张图片质量整体不错,没有太多的低级失误,但仍存在一些格式上不协调的微小瑕疵。以问题最多的Figure4为例,就存在以下问题:图片边界、Y轴标题太长、Y轴刻度线太密集、图片对比度等。



此外课程也重点关注了排版问题,通过修改前和修改后图片对比展示,说明SCI图片排版的基本方法。同时,也会通过实例探讨小图拼成大图的方法和技巧。



02


检测蛋白的Western blot(wb)作为基础科研中的经典分子实验,在大多数情况下,其结果图仅仅是典型的图片展示,但有时也需要对wb结果图进行定量统计


Image J是最常用的western blot定量方法。本节课程则会详解Image J软件分析图片灰度状态表达的方法及步骤。


首先,就以黑白为基础的灰度图片而言,其灰度值可表征图片灰度的状态。以8bit图片为例,全黑状态时灰度定义为0;全白状态时灰度定义为255;从0到255之间有256个级差,可覆盖全黑到全白的整个广谱。所以实际应用中一般以8bit图片为准。



次,课程也展示了WB结果定量分析的逻辑思路,以及蛋白WB图片定量前所需要制备的4个表格。



最后分别选取背景干净图片(文献Figure3a)背景干扰典型图片(文献Figure5e)为实例,手把手教授Image J如何获得灰度值和数据均一化方法,并可获得以下数据。

 



03


Photoshop(PS)作为一款极为强大的图片处理软件,当然不仅仅是网红的专属。科研者们亦可利用Photoshop来实现图片的裁剪、组合等操作,不仅能使做出的科研配图更加美观规范,还能通过制作精良的图片提升论文的整体档次。


第三节的课程则先对PS软件的界面和常用工具进行简要介绍,并以western blot条带截取组图和免疫组化画中画为实例,手把手教授以上两种图片制作过程。



此外,PS还可以处理荧光图片,而第四节课程则会以免疫荧光图片调整、免疫荧光图片merge和流式实验结果重新绘制为实例,示范以上3种图片制作过程。

 


通过以上两节PS作图示例课程中,老谈详细介绍了处理论文图片的基本操作方法以及注意事项,学员们依样画葫芦,也能获得范例文献中漂亮规整的图片,实现即学即用的目的。


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